Los especímenes de Trachycephalus cunauaru fueron históricamente confundidos con T. resinifictrix (Gordo et al., 2013).

El cuerpo es robusto; la cabeza es casi tan ancha como el cuerpo. El hocico es corto, redondeado en vista dorsal y redondeado de forma obtusa en perfil. La piel en las superficies dorsal y lateral de la cabeza y el cuerpo es gruesa, densamente glandular, y con numerosos tubérculos redondeados; la piel del vientre es granulada. La cabeza no está casquiforme y la piel de la cabeza no está co-ossificada con los elementos craneales subyacentes. Las narinas son protuberantes. Hay una membrana axilar corta. El tímpano es grande y bien visible; su borde superior está parcialmente cubierto por un pliegue supratimpánico bajo. Los pliegues ulnar y tarsal interno están bien desarrollados. Los Dedos están aproximadamente medio palmados y los pies cuatro quintos palmados. Los machos reproductores presentan una extensa excrescencia nupcial pigmentada.

El renacuajo fue descrito basado en un individuo en Estadio 38 de Panguana, Departamento Huánuco, Perú. Tiene una longitud corporal de 12.4 mm y longitud total de 34.3 mm. El cuerpo es ovoide, ligeramente más alto que ancho. El hocico es redondeado en vista dorsal y en perfil. Las narinas están más cerca de las órbitas que del extremo distal del hocico. Los ojos son pequeños y dirigidos dorsolateralmente. El disco oral está dirigido anteroventralmente; su ancho es menos de la mitad del ancho del cuerpo. El espiráculo es sinistral, corto y está ubicado por debajo de la línea media; la abertura está dirigida posterodorsalmente a aproximadamente la mitad de la longitud corporal. El tubo cloacal es corto y medio. La musculatura caudal es robusta anteriormente y decrece gradualmente hasta un punto casi en el extremo distal de la cola. Las aletas caudales son altas y terminan en un extremo distal estrecho y redondeado. A mitad de la cola, las aletas son iguales en altura y mucho más altas que la musculatura caudal; la aleta dorsal se origina en el extremo posterodorsal del cuerpo. La parte media del labio anterior está desnuda; en otros lugares, el disco está bordeado por una fila irregular de papilas labiales romas que tienden a formar una o dos filas alternas. Papilas adicionales están presentes en los pliegues laterales poco profundos. El pico mandibular anterior es ampliamente arqueado y el posterior es ampliamente en forma de U. Ambos picos tienen serraciones moderadamente largas y agudas. La fórmula de filas de dientes labiales es 2(2)/4. La coloración de los renacuajos de la Reserva Florestal Adolfo Ducke, Estado Amazonas, Brasil, es oliva oscuro en el cuerpo y plateado en el vientre; la cola es transparente.