Gastrotheca cornuta está categorizada como En Peligro en todo su rango (Coloma et al., 2008; en la Lista Roja de la UICN 2022) debido a una disminución observada y proyectada de al menos 50% en un periodo de 10 años. Ortega-Andrade et al. (2021) la catalogaron como Vulnerable en Ecuador; sin embargo, sugerimos incluirla en En Peligro debido a que se sospecha que su área de ocupación es menor a 500 km², su distribución está severamente fragmentada y hay un declive continuo en extensión y calidad de hábitat. Su declive abrupto se ha asociado con la quitridiomicosis, presente también en las tierras bajas del oeste de Ecuador. No se dispone de información poblacional. En Ecuador, otras amenazas incluyen reducción y fragmentación de hábitat, tala, deforestación para agricultura (especialmente palma), incendios, minería, introducción de especies exóticas, asentamientos humanos y contaminación. Además, el área enfrenta presión constante de empresas madereras. Bosques cercanos a la localidad tipo en Cachabí, Provincia Esmeraldas, han sido deforestados y no hay registros de G. cornuta. La mayoría de los bosques en el sur de su distribución (Santo Domingo de los Tsáchilas, Los Ríos y Cañar) han sido removidos y los registros son históricos. Se encuentra o se encontraba en varias áreas protegidas en Colombia, Panamá y Costa Rica. Programas de conservación ex situ se realizan en el El Valle Amphibian Conservation Center (Panamá) y CJ de Investigación y Conservación de Anfibios (Ecuador).