Atelopus guanujo fue categorizada como En Peligro Crítico por Ortega-Andrade et al. (2021) debido a un drástico declive poblacional, estimado en más del 80% en las últimas tres décadas, inferido a partir de la aparente desaparición de la mayoría de sus poblaciones. Hasta 2021, no se había registrado la especie en aproximadamente tres décadas, con el último registro el 10 de abril de 1988, en Guanujo, Provincia Bolívar. Los esfuerzos de búsqueda fueron infructuosos hasta enero de 2021, cuando una persona local encontró un macho (identificado como Atelopus sp. aff. guanujo-ignescens) en una nueva localidad para la especie, Simiátug, Provincia Bolívar. Desde entonces, se han realizado varias búsquedas adicionales sin éxito (excepto por una hembra registrada fotográficamente). El individuo macho fue llevado al programa de reproducción ex situ del CJ, y su esperma fue criopreservado para conservar su diversidad genética en el futuro. Este macho murió el 8 de mayo de 2023. Las principales amenazas son probablemente el cambio climático y los patógenos, que han provocado un colapso poblacional, como ha ocurrido con muchas otras especies de Atelopus. Otras amenazas son la pérdida y fragmentación del hábitat, la contaminación del agua, los incendios y las especies introducidas como la trucha. Estas amenazas están asociadas a la agricultura intensiva, la ganadería, la silvicultura, la tala, los asentamientos humanos y la urbanización.