Allobates zaparo está estrechamente relacionada con las poblaciones ecuatorianas de A. femoralis (ver también Observaciones bajo A. femoralis) (Santos et al., 2009; Santos et al., 2014). Allobates zaparo parece no ser tóxica y carece de alcaloides en la piel. No se ha encontrado evidencia mediante cromatografía en capa fina (TLC) y bioensayos en ratones utilizando 30 pieles (Darst et al., 2005; Darst et al., 2006).

La punta del hocico es subtruncada en vista dorsal y redondeada en vista lateral. La porción posterodorsal del tímpano está oculta. La piel es fuertemente granular en el dorso y la superficie dorsal de las extremidades, y lisa en el vientre y la superficie ventral de las extremidades. Los dientes maxilares y premaxilares están presentes. El dedo I es más largo que el II; los dedos no tienen membrana interdigital; hay membrana interdigital basal entre los dedos I–III–IV.

La siguiente descripción se basa en un individuo en el estadio 34 (CJ 7162) de Shiripuno Lodge, Provincia Orellana, Ecuador, recolectado por Carolina Proaño-Bolaños, Luis A. Coloma, Manuel A. Morales-Mite, Néstor A. Acosta Buenaño y Nanto Guamoni el 30 de abril de 2017. Fue recolectado de un charco en un bosque primario. Tiene una longitud corporal de 7.2 mm y una longitud total de 20.6 mm. El cuerpo es ovoide, ligeramente más ancho anteriormente que posteriormente, y más ancho que profundo. El hocico es redondo tanto en vista dorsal como en perfil lateral. Los ojos están dirigidos dorsolateralmente. El espiráculo es sinistral, con la pared interna libre del cuerpo; su abertura está dirigida posteriormente en la línea media a aproximadamente dos tercios de la longitud del cuerpo. El disco oral es anteroventral con papilas marginales laterales y ventrales. La fórmula de filas de dientes labiales es 2/3, con la segunda fila superior interrumpida medialmente. La mandíbula superior está completamente queratinizada y tiene forma de M. La cola representa aproximadamente el 65% de la longitud total, más profunda en la mitad y subaguda en la punta. La aleta dorsal no se extiende sobre el cuerpo y es más profunda que la aleta ventral. La aleta ventral es uniformemente profunda a lo largo de la cola. La piel del cuerpo es translúcida, mostrando los órganos internos. Dorsal y lateralmente, tanto el cuerpo como la cola tienen manchas marrones oscuras y doradas. Ventralmente, tiene pocas manchas marrones, y todos los órganos son visibles a través de la piel. El ojo está rodeado por un anillo brillante de bronce.